Излюбленные места обитания перелетных птиц - остров Хийумаа, залив Кяйна, заповедник Матсалу и юго-восточные острова, являются и одними из лучших в Европе орнитологическими площадками. Крошечный остров Абрука с небольшим природным резерватом, расположенный в 6 км. от южного побережья Сааремаа - "балтийская мекка" эко-туристов.
В Эстонии очень много национальных парков и заповедников, которые занимают до трети площади этого государства. Это заповедник европейского значения Эндла, где можно путешествовать на лодке, а также учебными и натуралистическими тропами, проложенными в густом лесу. Своеобразен ландшафт заповедника Вооремаа, где между двух живописных хребтов расположено 8 богатых рыбой озер, сформированных ледником. Там же находится местечко Паламузе с музеем-приходской школой, старым зданием пастората, водяной мельницей и старинным церковным парком. Холмистому по большей части ландшафту придают особенный колорит множество озер, небольших речушек, пестрые болота. Пещеры Пиуза напоминают подземные храмы со сводчатыми потолками и колоннами из песчаника. Это одно из крупнейших в северной Европе мест зимовки летучих мышей. Чуть южнее находится заповедник долины реки Пиуза, с грандиозными песчаниковыми отложениями высотой до 43 метров.
