Внутренних авиалиний из-за маленьких размеров территории практически нет. Аэропорты Скопье и Охрида обслуживают международные рейсы авиакомпаний Macedonian Airlines и Avioimpex. До аэропорта Скопье можно доехать на автобусе (25-30 мин.), отправляющемся от международного автовокзала за полтора часа до отлета самолетов, на такси или на маршрутке.
